明王院的前身為常福寺，相傳於西元807年由佛教真言宗開山祖師弘法大師空海創立，但並未留下詳細的紀錄。
明王院當時興建在距離現址較遠的地方，雖然於西元1600年代荒廢，但隨著西元1619年初代福山藩領主水野勝成抵達當地，作為領地的祈願所而復興。然後，第三代領主水野勝貞令常福寺的住持隱居，將明王院遷建至此地。
西元1962年至1964年間，解體本堂進行修理，在內陣(內殿，指安置神明空間的中央位置)的大虹梁蟇股(月形樑蛙股)的建築部材中，發現墨書筆跡而證實現存的本堂建於西元1321年。
當時恢復與中國的外交關係，而傳來新的建築樣式，在建築領域帶來各種變化。這裡的本堂也是融合了「和様(和式)」、「禪宗式」、「大佛式」等多種建築樣式的折衷風格建築。
如出現支撐柱子與柱子之間斗栱的「間斗束」為和式，支撐門的橫木斷面則是呈現山形，為大佛式，橫樑如像彩虹向上彎曲的形狀則是禪宗式的特色。

和本堂同樣被指定為國寶的五重塔，建於西元1348年，是日本第5古老的五重塔。建設費則有從廣大民眾募集而來的少額捐款，即「一文勸進」的紀錄。
在佛教有著彌勒菩薩最終會從天界下凡，引導開示民眾並救贖民眾的教義。民眾則盼望著自己終將升天(兜率天即天界)的日子到來，為與彌勒菩薩結緣而捐款。
比明王院歷史更悠久的五重塔均為朝廷和皇族興建。但明王院的五重塔則是由當地居民相互付出一些些的錢而建成。在世界上也鮮有這樣的例子。一般神社寺院的建築使用檜木建造，但明王院五重塔的建材的一部分則取用當地的松木，是一座可以感受到福山市居民對當地有著深切愛意的歷史遺跡。
東南西北四方的牆壁畫有圖樣之外，中間安置三座佛像，天花板有用鮮豔色彩畫的唐草紋、花鳥，和在天空飛舞的天女等圖樣，呈現佛界淨土(佛國)的樣貌。