Tương truyền rằng chùa Jofukuji, tiền thân của chùa Myooin, được xây dựng vào năm 807 bởi nhà sư Kukai (Không Hải), còn được gọi là Kobodaishi (Hoằng Pháp Đại Sư), là người đã sáng lập ra Phật giáo Chân Ngôn Tông. Tuy nhiên, không có ghi chép chi tiết nào còn sót lại.
Chùa Myooin ban đầu khi mới xây nằm ở nơi hơi xa, vào những năm 1600 bị xuống cấp nhưng đến năm 1619 khi Mizuno Katsunari, lãnh chúa đầu tiên của Fukuyama, đến vùng đất này đã phục hồi lại chùa làm nơi cầu nguyện của vùng này. Hơn nữa, Katsusada, vị lãnh chúa thứ ba, đã bắt sư trụ trì của chùa Jofukuji ẩn cư và chuyển chùa Myooin đến đó.
Trong quá trình tháo dỡ và sửa chữa chánh điện từ năm 1962 đến năm 1964, người ta tìm thấy được dòng mực đen trên thanh giằng gọi là Daikoryo Kaerumata ở Nội chánh điện (khu vực trung tâm thờ Đức Phật), cho thấy rằng chánh điện hiện nay được xây dựng vào năm 1321.
Vào thời đại này, quan hệ ngoại giao với Trung Quốc được phục hồi, du nhập nhiều phong cách kiến trúc mới. Lĩnh vực kiến trúc cũng có nhiều thay đổi. Chánh điện này cũng được xây dựng theo phong cách pha trộn nhiều kiểu kiến trúc như "Wayo" (kiểu Nhật), "Zenshuyo" (kiểu Thiền), "Daibutsuyo" (kiểu Phật).
Những thanh chống "Kentozuka" được đặt để nâng đỡ các Masu (gối chặn) giữa các cột là đặt trưng theo kiểu Wayo, mặt cắt của khung đỡ cửa có hình ngọn núi là đặc trưng kiểu Daibutsuyo và thanh dầm uốn cong lên trên hình cầu vồng là đặc trưng của kiểu Zenshuyo.

Cùng với chánh điện, tháp 5 tầng cũng được công nhận là Bảo vật quốc gia. Được xây dựng vào năm 1348 và là tháp 5 tầng cổ đứng thứ 5 của Nhật Bản. Theo ghi chép cho rằng kinh phí xây dựng được huy động từ khoản đóng góp nhỏ trên diện rộng từ người dân gọi là "Ichimon Kanjin".
Phật Giáo có dạy rằng Bồ Tát Di Lặc từ trên ｔhiên giới xuống hạ giới giáo hóa và cứu nạn cho chúng dân. Dân chúng đóng góp với ước nguyện có thể tạo duyên với Bồ Tát Di Lặc, mong ước một ngày nào đó bản thân cũng có thể lên Thiên giới (Cõi trời Đâu Suất).
Tất cả các tháp 5 tầng lâu đời hơn tháp của chùa Myooin đều do triều đình hoặc Hoàng tộc xây dựng. Tuy nhiên, tháp 5 tầng của chùa Myooin hiện nay là tháp được xây lên bằng những khoản tiền nhỏ do người dân địa phương đóng góp. Trên thế giới cũng không có nhiều trường hợp như vậy. Thông thường cây bách được dùng cho các công trình đền chùa, nhưng tháp này lại sử dụng một phần nguyên liệu xây dựng là cây tùng được khai thác ngay tại địa phương, tạo nên di tích mang đậm tình yêu quê hương của người dân Fukuyama.
Ngoài các bức vẽ tường đặt ở 4 phía thì ở giữa đặt ba bức tượng Phật, trần nhà được vẽ đầy màu sắc với những họa tiết đường cong uốn lượn, hoa và chim muông, hay các tiên nữ bay trên trời, v.v..., phát họa nên một cách chân thực cõi Tịnh thổ (vùng đất Phật).