ว่ากันว่าวัดโจฟุกุซึ่งเป็นวัดก่อนหน้าวัดเมียวโออินถูกสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 807 โดยปรมาจารย์โคโบและคูไคซึ่งเป็นผู้ก่อตั้งพุทธศาสนานิกายชินงน ทั้งนี้กลับไม่มีบันทึกดังกล่าวหลงเหลืออยู่
วัดเมียวโออินสร้างขึ้นครั้งแรกโดยตั้งห่างจากสถานที่ดังกล่าวออกไปเล็กน้อยแต่ถูกเผาทำลายในช่วงปี 1600 จากนั้นในปี ค.ศ. 1619 คัตสึนาริ มิซูโนะ ขุนนางผู้ปกครองเมืองฟุกุยามะได้เข้ามาในพื้นที่แห่งนี้และได้ฟื้นฟูขึ้นมาให้เป็นสถานที่สำหรับสวดมนต์ของแคว้น นอกจากนี้คัตสึซาดะซึ่งเป็นขุนนางรุ่นที่สามได้ทำการย้ายวัดเมียวโออินมายังสถานที่ปัจจุบันภายหลังจากที่เจ้าอาวาสของวัดโจฟุกุได้เกษียณจากตำแหน่ง
ในระหว่างที่ทำการรื้อถอนและซ่อมแซมพระอุโบสถตั้งแต่ปี ค.ศ. 1962 เป็นเวลาถึง 4 ปีนั้นได้มีการค้นพบบันทึกซึ่งถูกจารึกด้วยหมึกบนไดโคเรียวคาเอรุมาตะภายในพระอุโบสถ (ส่วนกลางซึ่งเป็นพื้นที่ประทับขององค์พระสัมมาสัมพุทธเจ้า) จึงพบว่าพระอุโบสถหลังนี้ได้สร้างแล้วเสร็จเมื่อปี ค.ศ. 1321 นั่นเอง
เนื่องจากในยุคนี้ได้มีการฟื้นฟูความสัมพันธ์ทางการทูตกับประเทศจีนจึงทำให้ได้รับการถ่ายทอดรูปแบบของสถาปัตยกรรมสมัยใหม่และเกิดการเปลี่ยนแปลงในด้านต่างๆของสถาปัตยกรรม พระอุโบสถแห่งนี้ถูกสร้างขึ้นด้วยการผสมผสานของรูปแบบสถาปัตยกรรมที่หลากหลาย เช่น "แบบญี่ปุ่นดั้งเดิม" "แบบนิกายเซน" และ "แบบพุทธศาสนา (องค์พระใหญ่)"
"เคนโทสึกะ" ที่ใช้รองรับมัตสุซึงตั้งอยู่ระหว่างเสานั้นเป็นสถาปัตยกรรมแบบญี่ปุ่น ส่วนพื้นที่หน้าตัดคล้ายรูปภูเขาที่ใช้รองรับประตูนั้นเป็นสถาปัตยกรรมแบบพระพุทธศาสนา (องค์พระใหญ่) และคานซึ่งเป็นรูปสายรุ้งโค้งขึ้นไปด้านบนนี้เป็นลักษณะเฉพาะของของสถาปัตยกรรมแบบนิกายเซน

เจดีย์ห้าชั้นนี้ได้รับการขึ้นทะเบียนให้เป็นสมบัติของชาติเช่นเดียวกันกับพระอุโบสถ สร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1348 โดยเป็นเจดีย์ห้าชั้นที่เก่าแก่เป็นอันดับที่ 5 ของประเทศญี่ปุ่น มีบันทึกระบุไว้ว่าประชาชนได้ร่วมกันบริจาคเป็นจำนวนเงิน "10 มง" เพื่อเป็นค่าใช้จ่ายในการก่อสร้าง
พระพุทธศาสนามีคำสอนว่าพระเมตไตรยโพธิสัตว์จะเสด็จลงมาจากสวรรค์สู่โลกเบื้องล่างเพื่อสั่งสอนและช่วยเหลือผู้คน ประชาชนจึงได้ร่วมบริจาคเพื่อต้องการสานสัมพันธ์กับพระเมตไตรยโพธิสัตว์ โดยหวังว่าสักวันหนึ่งจะได้ขึ้นสวรรค์ (สวรรค์ดุสิตา ＝ โลกสวรรค์) นั่นเอง
เจดีย์ห้าชั้นที่มีอายุมากกว่าวัดเมียวโออินนั้นถูกสร้างขึ้นโดยราชสำนักทั้งหมด อย่างไรก็ตามเจดีย์ห้าชั้นของวัดเมียวโออินแห่งนี้ถูกสร้างขึ้นโดยประชาชนในชุมชนที่ได้ร่วมกันบริจาคคนละเล็กละน้อยซึ่งเป็นกรณีที่ไม่ค่อยพบเห็นบ่อยนักบนโลกใบนี้ โดยทั่วไปแล้วจะมีการใช้ต้นไซเปรสในการสร้างวัดหรือศาลเจ้า แต่บางพื้นที่ก็มีการใช้ไม้สนของท้องถิ่นในการก่อสร้างด้วยเช่นกัน จึงทำให้เป็นสถานที่สำคัญทางทางประวัติศาสตร์ที่สัมผัสได้ถึงความผูกพันอันลึกซึ้งของชาวเมืองฟุกุยามะ
นอกจากภาพวาดที่แสดงอยู่บนฝาผนังทั้งสี่ด้านแล้ว ยังมีพระพุทธรูปสามองค์ประดิษฐานอยู่ตรงกลาง และประตูที่สลักเป็นลวดลายอาหรับ ดอกไม้และนก และภาพวาดนางฟ้าที่ร่ายรำอยู่บนเพดานด้วยสีสันสดใสราวกับได้เข้าไปยังแดนสุขาวดี