Есть сведения о том, что предшественник храмового комплекса Мёоин, храм Дзёфукудзи, был основан в 807 году Кукаем, основателем буддийской школы Сингон, выдающимся религиозным деятелем, носителем титула "Кобо-Дайси" ("Великий Учитель - распространитель Дхармы"). Однако подробности до нас не дошли.
Мёоин изначально был заложен в несколько удаленной местности и в 1600-е годы был заброшен, однако в 1619 году на эти земли пришел первый даймё (феодал) княжества Фукуяма, Кацунори Мидзуно, который и восстановил его в качестве места для молитв своего клана. Далее, третий даймё княжества Фукуяма, Кацусада, отстранил настоятеля храма Дзёфукудзи и перенес Мёоин на его территорию.
Во время ремонтно-демонтажных работ в главном храме в 1962-1964 годах на элементе "дайкорё-каэрумата" (декоративная балочная опора) во внутренней части здания (считающейся пространством Будды) была обнаружена надпись тушью, которая помогла определить, что нынешний храм был построен в 1321 году.
В эту эпоху активно развивались дипломатические отношения с Китаем, заимствовались новые архитектурные стили. В области строительства также происходили различные изменения. Здание главного храма построено путем смешения различных архитектурных стилей - "ваё" (японский стиль), "дзэнсюё" (стиль дзэн), "дайбуцуё" (стиль дайбуцу). Наличие между столбами опорного блока "кэнтодзука" относится к "ваё", профиль поперечника двери в форме горной вершины – это "дайбуцуё", а искривление балки в форме дуги кверху – это особенность "дзэнсюё".

Пятиярусной пагоде также, как и главному храму, присвоен статус национального сокровища Японии. Это пятая старейшая пагода Японии, построенная в 1348 году. Остались свидетельства о том, что средства на постройку сооружения были собраны в результате "итимон-кандзин" - огромного количества народных пожертвований малыми суммами.
В буддизме существует учение о том, что скоро с небес на землю придет будда Майтрея, который будет проповедовать, вести за собой и спасать людей. Простые люди, мечтая о дне, когда они тоже смогут попасть на небеса, в мир блаженства, вносили пожертвования, чтобы установить связь с Матреей.
Более старые пятиярусные пагоды строились императорским двором и аристократами. Однако пагода комплекса Мёоин была построена благодаря множеству небольших денежных пожертвований местных жителей. Подобных примеров не так много и в мировом масштабе. В архитектуре буддийских и синтоистских храмов повсеместным является использование японского кипарисовика, но здесь часть стройматериалов изготовлена из местной сосны, и в этом памятнике старины особенным образом чувствуется глубокая любовь жителей Фукуяма.
Внутри пагоды со всех сторон есть настенная роспись, в центре пагоды установлены три фигуры Будды, а на потолке яркими красками изображены крученый орнамент "каракусамон", цветы и птицы, небесный танец богини - словно это картины Дзёдо - буддийского рая.