O Templo Jofuku-ji, o predecessor do Templo Myoo-in , foi fundado em 807 pelo sumo sacerdote Kobo Daishi Kukai, fundador da seita Shingon do budismo. No entanto, não há registros detalhados.
Em 1619, Katsunari Mizuno, o primeiro senhor do clã Fukuyama, veio à área e reconstruiu o templo como um salão de oração para o clã. O terceiro senhor do clã, Katsusada, também aposentou o sacerdote chefe de Jofukuji e mudou Myoo-in para aquele local.
Durante a desmontagem e reparo do salão principal entre 1962 e 1964, foram encontrados escritos com tinta em uma parte do santuário interno (o espaço central do Buda) chamado daikonryo kaerumata, indicando que o salão principal existente foi construído em 1321.
Este período assistiu ao renascimento das relações diplomáticas com a China e à introdução de novos estilos arquitetônicos. Neste período também houve muitas mudanças no campo da arquitetura. O salão principal do templo foi construído em estilo eclético, combinando vários estilos arquitetônicos, como o estilo japonês, o estilo Zen e o estilo Daibutsu.
O "kentozuka" entre os pilares, que sustentam as portas, é uma característica do estilo japonês, o estilo "daibutsu" é caracterizado pela seção transversal achatada das portas, e o estilo "zenshu" é caracterizado pelas vigas em forma de arco-íris que se dobram para cima.

O pagode de cinco andares, que, como o salão principal, é um Tesouro Nacional. Foi construído em 1348 e é o quinto pagode mais antigo do Japão. É o quinto pagode de cinco andares mais antigo do Japão. Está registrado que a construção do pagode foi financiada por uma ampla gama de pequenas doações do povo.
O budismo ensina que o Maitreya Bodhisattva acabará descendo dos reinos celestiais para ensinar e guiar o povo e salvá-lo. O povo sonhava que um dia também eles seriam capazes de ascender ao reino celestial e doar dinheiro para se conectar com Maitreya.
Todos os pagodes de cinco andares mais antigos que o de Myoo-in foram construídos pela Corte Imperial e pela Família Imperial. Entretanto, o pagode de cinco andares em Myoo-in foi construído pela população local que contribuiu com uma pequena quantia de dinheiro. Há muito poucos exemplos disso no mundo. Embora o cipreste seja comumente usado na construção de templos e santuários, pinheiros cultivados localmente também foram usados para alguns dos materiais de construção, mostrando o profundo amor local dos cidadãos de Fukuyama. O pagode foi construído pela população local com pouco dinheiro.
Além das pinturas de parede nos quatro lados, há três estátuas de Buda consagradas no centro, e o teto é decorado com portões arabescos, flores e pássaros, e uma donzela celestial dançando no céu.