Il est dit que prédécesseur du temple bouddhique Myōō-in, le temple bouddhique Jofuku-ji, a été fondé en 807 par Kūkaï, grand prêtre et fondateur de la secte bouddhique Shingon. Cependant, il ne reste aucune trace détaillée sur ce fait.
Myōō-in était un peu plus éloigné lors de sa première construction puis il fut détruit dans les années 1600. En 1619, le premier seigneur féodal de Fukuyama, Katsunari Mizuno, a ordonné sa reconstruction. De plus, Katsusada, le troisième seigneur féodal, a destitué le temple Jōfuku-ji et a déplacé Myōō-in à cet endroit.
Le hall principal a été rénové de 1962 à 1964. À cette occasion, une inscription à l'encre a été trouvée à l'intérieur d'un daikoryo-kaerumata du chancel (partie centrale où est entreposée le Bouddha). Cette inscription a montré que le Myōō in -Hondō actuel a été construit en 1321.
À cette époque, les relations diplomatiques avec la Chine battaient leur plein et de nouveaux styles architecturaux étaient introduits. Cette salle principale est également construite dans un style éclectique composé de plusieurs styles architecturaux tels que l'architecture japonaise "wayō", l'architecture zen "zenshūyō" et l'architecture bouddhique "daibutsuyō" (littéralement à la gloire du Grand Bouddha).
Le "Kentozuka" qui soutient le "masu" entre les piliers est de style wayō la section transversale du cadre la porte, en forme de montagne, de style daibutsuyō et le faisceau courbé vers le haut en arc-en-ciel est une caractéristique du zenshūyō.

La pagode à cinq étages a été désignée trésor national comme le hall principal. Elle a été construite en 1348 et est la cinquième plus ancienne pagode à cinq étages du Japon.
Dans le bouddhisme, il est dit que Maitreya Bodhisattva descendra bientôt du monde céleste vers le monde inférieur pour enseigner et sauver les mortels. Les citoyens des environs ont donc fait un don pour la construction de cette pagode pour se connecter avec lui, rêvant qu'un jour, ils pourraient accéder au monde céleste.
Toutes les pagodes à cinq étages plus anciennes que celle de Myōō-in ont été construites par la cour impériale et la famille impériale. Cependant, la pagode à cinq étages de Myōō-in a été construite par les contributions modestes des résidents locaux. Il n'y a pas beaucoup de cas de ce genre dans le monde. Le cyprès est généralement utilisé pour construire des temples et des sanctuaires, mais certains pins récoltés localement sont également utilisés comme matériaux de construction. Cela en fait un site historique unique où vous pouvez ressentir le profond amour local des citoyens de Fukuyama.
En plus des dessins muraux de tous les côtés, trois statues de Bouddha sont enchâssées au centre. Des fleurs, des oiseaux, et une jeune fille céleste dansant dans les cieux sont dessinées dans des couleurs vives sur le plafond de la porte en arabesque, ce qui en fait une expression du paradis bouddhique de la terre pure, où réside le Bouddha.