Se dice que el templo Jofukuji, predecesor del templo Myooin, fue fundado en el año 807 por el sumo sacerdote Kobo Daishi Kukai, fundador de la secta budista Shingon. Sin embargo, no hay registros detallados.
Myooin estaba un poco lejos cuando se construyó por primera vez y fue devastado en 1600, pero en 1619 Katsunari Mizuno, el primer señor del clan Fukuyama, llegó a la zona y reconstruyó el templo como sala de oración para el clan. Tiempo después, Katsusada, el tercer señor feudal del clan Fukuyama, retiró al sacerdote principal del templo Jofukuji y lo trasladó a Myooin. Durante el desmantelamiento y la reparación de la sala principal entre 1962 y 1969, se encontraron escritos en tinta en el Daikoryo-kaerumata del santuario interior (la parte central del espacio de Buda), que indican que la sala principal existente se construyó en 1321. En este periodo se reactivan las relaciones diplomáticas con China y se introdujeron nuevos estilos arquitectónicos. En este periodo también se produjeron muchos cambios en el campo de la arquitectura. La sala principal del templo se construyó con una mezcla ecléctica de estilos, como el estilo japonés, el estilo zen y el estilo Daibutsu. El "Kentozuka" que sostiene el tejado entre los pilares es de estilo japonés, y la sección angular de los soportes de las puertas es característica del estilo Daibutsu, mientras que las vigas volteadas en forma de arcoíris son características del estilo Zen.

La pagoda de cinco pisos, que, al igual que la sala principal, es un Tesoro Nacional, fue construida en 1348 y es la quinta pagoda más antigua de Japón. Se tiene constancia de que la construcción de la pagoda se financió con una amplia gama de pequeñas donaciones del pueblo.
En el budismo, hay una enseñanza de que el Maitreya pronto descenderá del mundo celestial al mundo inferior para dar enseñanza y salvación. La gente donaba dinero para conectarse con Maitreya, soñando que un día ellos también podrían ascender al reino celestial. Todas las demás pagodas de cinco pisos antiguas fueron construidas por la Corte Imperial o la Familia Imperial. Sin embargo, la pagoda de Myooin de cinco pisos fue construida por la población local, aportando una pequeña cantidad de dinero. Existen muy pocos casos similares en el mundo. La pagoda es un testimonio del profundo amor de los habitantes de Fukuyama por su ciudad natal, ya que se construyó en parte con pinos cultivados localmente, en contraste con el método más común de utilizar ciprés hinoki para construir templos y santuarios. Además de las pinturas murales en los cuatro lados, hay tres estatuas de Buda consagradas en el centro, y el techo está decorado con patrones karakusa, flores, pájaros, y una doncella celestial bailando en el cielo, todo ello en ricos colores, que representan la Tierra Pura (la tierra de Buda).